Челобитная Годунова доказывает, что для своего времени он был достаточно не плохо образован и с успехом разбирался в сложных родословных делах.
В 1578 г. Борис добирается до того что бы именоваться боярином. "Боярство ему сказывал" один из наиболее знатных людей государства Ф.М.Трубецкой, призванная тем самым старшинство Годунова. Его земельные владения растут. Если в начале карьеры он имел лишь родовой вотчиной в Вязьме и Костроме, то со временем у его появляются так же земли в Дмитровском, Тверском и Малоярославском уездах и Подмосковье.
В 1579 г. Годуновы вошли в государево войско. Поход стал провальным. Потерпев проигрыш , царь был вынужден открыть мирные переговоры. Это был, пожалуй, первый военный поход, когда Годунову было необходимо принять участие в сражениях. Неудача, видимо, так сильно на него повлияла, что он навсегда потерял интерес к войне и стал больше испытывать тягу к дипломатической деятельности.
Большинство исследователей биографического пути Бориса больше обращали внимание на его личные успехи, не считая и не беря во внимание , что по лестнице придворных чинов он продвигался в окружении многочисленных родственников, дружной толпой отвоевывающих "место под солнцем" не только для себя но и так же для всего рода.
После прохода к царствованию Федора Ивановича в 1584 г. Семья Годуновых превратилась в главную опору его трона. Борис Федорович, хотя и достиг звание конюшего, то есть старшего боярина, но занял место ниже своего же дяди. В его распоряжении оказался Земский приказ, ведавший сбором налогов с различных городов. Так же при дворе оказалось и множество других Годуновых и Сабуровых. Все вместе, а не один Борис, как считается ,они активно помогали царю Федору в управлении государством. Миф о том, что только Б.Ф.Годунов был соправителем царя, появился в период борьбы его за царский трон.
В то время при сильной раздробленности и слабой связи и сплочённости между собой различных частей государственного аппарата один человек был не в состоянии управлять всем государством. Только дружная семья – Годуновы – заняли все основные главные посты в правительстве царя Федора и начали наводить свои порядки:а именно ,они сняли с должности и наказали казначея П.Головина, укротили и наказали наиболее знатных бояр И.Ф.Мстиславского и И.П.Шуйского, сняли с поста митрополита Дионисия, выступавшего против царицы Ирины. Это время Борис Федорович – лишь второй воевода Передового полка. Во время приема посла Л. Сапеги Борис стоял подле царя во время того , как Дмитрий Иванович и Степан Васильевич сидели на кривой лавке, крайне почетной для бояр. На праздничные обеды к Константинопольскому патриарху Иеремии в 1587 и 1588 годах приглащены лишь дяди и троюродные братья Васильевичи. В боярской думе Б.Ф.Годунов всегда был ниже Д.И.Годунова.
Выделиться Борису удалось лишь после учреждения патриаршества. В 1588 г. именно ему царь доверил вести переговоры с константинопольским патриархом Иеремией. Льстивыми словами царский шурин первоначально уверил патриарха остаться в Московском государстве и в нем основать свою патриархию. Когда же согласие было получено, учредить в Москве патриархию и рукоположить на ее престол любого царского ставленника. 26 января 1589 г. в Успенском соборе первым русским патриархом был провозглашен Иов.
Успех на дипломатическом поприще еще больше вселил уверенности и уверил Бориса, что эта сфера деятельности которая ему подходит и в конторой он может активно работать. До этого он довольно часто покровительствовал иностранным купцам, пленным, принимал у себя некоторых лиц, приезжавших в Москву с дипломатической целью. Особенно доверительные и близкие отношения сложились у него с Дж. Горсеем, ловким и хитрым человеком, представлявшим интересы одной английской торговой компании.
Борису покровительство иностранным гостям принесло большую выгоду. Пленные ливонцы, осыпанные его ласками и почестями, всячески прославляли его на родине: "Есть на Москве шурин государский, Борис Федорович Годунов, правитель земли и милостивый вельможа. На отпуске он кормил и поил нас у себя, пожаловал сукнами, а как в тюрьмах были, великие милостыни присылал".
В результате всего этого о Борисе стало известно даже при европейских королевских дворах. Первый к нему за помощью обратился брат австрийского императора Рудольфа Максимилиан, добивавшийся польского престола и сильно нуждавшийся в деньгах. Затем написала английская королева Елизавета с просьбой о покровительстве английским купцам. Царский шурин чувствовал себя на пике славы.
Царь Федор называл Годунова только ближним боярином, то есть членом Ближней думы, состоящей из 4-х бояр, и конюшим. В отзывах же о нем иностранцев попадается даже такой титул как "правитель всей земли", который доказывал о том, что Борис был близким помощником царя. Но данный титул использовался лишь чтобы возвеличить и пустить славу Бориса за рубежом, подобно титулам разных наместников у русских послов. На самом же деле царский шурин был лишь главой Земского приказа, приказным человеком. В 1597 г. Борис ездил "обкладывать" налогами новый Смоленский кремль.
В 1589 г. у Бориса родился сын Федор, а следом за ним дочь Ксения. Отец души не чаял в своих детях и делал все возможное, чтобы они росли крепкими, здоровыми и очень хорошо образованными.
Новым этапом к возвышению Годунова при дворе стал Ругодивский поход царя Федора, проходивший зимой 1589-1590 года. Вместе с Ф.Н.Романовым, двоюродным братом царя, он возглавил некий Государев полк, обозначенный в росписи последним. Следует отметить, что и другие Годуновы заняли в этом походе довольно значимую и большую роль. После похода место Бориса в дворцовых мероприятиях стало ещё более высоким: в январе 1591 г. на приеме польских послов он уже сидит за столом с Ф.И.Мстиславским и Д.И.Годуновым.
Так же еще одной важной вехой в продвижении карьеры Годунова стала оборона столицы от внезапного и стремительного нападения крымского хана Казы-Гирея летом 1591 года. Для обороны царь мог использовать лишь полки Береговой службы и свой двор. Он поручил Борису стать главой отряда, состоящего из представителей царского двора и московского дворянства. Довольно вероятно , что именно под руководством Б.Годунова был поставлен гуляй-город у Данилова монастыря, ставший главной линией обороны Москвы. Казы-Гирей не решился напасть на город и бежал. Посланные вслед за ним Ф.И.Мстиславский и Б.Ф.Годунов не догнали основное крымское войско и лишь разгромили обозы.
Наконец-то Борис мог отметить свою первую воинскую победу. Он был назначен вторым воеводой объединенного войска. Федор вручил Борису награды, как у главного воеводы. В итоге Борис Федорович получил: "золотой португал", высший орден того времени в виде золотой португальской монеты, дорогую шубу из большой казны, кубок ценой в 12 гривен и золотую гривну всё это вместе со званием "царского слуги", которое считалось при дворе самым почетным.
Хитрые австрийцы ловко играли на честолюбии и тщеславии Бориса, стараясь с его помощью добиться для себя различных выгодных дел. Почувствовав что-то неладное со стороны австрийцев, Борис даже отказался пристроить на царскую службу приятеля Варкоча, ссылаясь на то, что ситуация при дворе для этого неблагоприятна и не удачная обстановка, но послал меха в подарок невесте.
Борису очень симпатизировала и была близка идея создания антитурецкого союза, поскольку это прославило бы его имя среди европейских держав. При этом он, казалось, не замечал, что его деятельность не приносит нечего полезного, а иногда даже крайне вредна для Русского государства. Император Рудольф вопреки обещаниям начал переговоры с Турцией, наладил близкие контакты с польским королем Сигизмундом III и даже выдал за него замуж свою родную племянницу.
Несмотря на эти неудачи, Борис продолжал строить из себя великого человека и искусного дипломата.