III.Палеонтологическая коллекция
В настоящее время количество экспонатов музея превышает 3000.
Коллекция включает типы органогенных известняков, ископаемые остатки и минералы
Ниже приведен систематический состав ископаемых, представленных в музее. (Систематика организмов дана по О.Б. Бондаренко, И. А. Михайловой (2006) и Г. А. Данукаловой (2009), Г. А. Данукаловой идр. (2013), Справочнику по систематике фораминифер палеозоя (1996) )
· Надцарство Доядерные организмы. ProcariotaЦарство Цианобионты. Cyanobionta
· Надцарство Ядерные организмы. Eucariota
· Царство Растения. Phyta
· Подцарство Низшие растения. Thallophyta
· Семейство Нигрипореллида. Nigriporellidae
· Подцарство Высшие растения. Telomophyta
· Отдел Голосеменные. Gymnospermae
· Царство Животные. Zoa (Animalia)
· Подцарство Одноклеточные. Protozoa
· Тип Саркодовые. Sarcodina
· Класс Фораминиферы. Foraminifera
· Надотряд Фузулиноиды. Fusulinoida
· Отряд Фузулиниды. Fusulinida
· Отряд Швагериниды. Schwagerinida
· Подцарство Многоклеточные. Metazoa Т
· ип Стрекающие. Cnidaria
· Класс Гидроидные. Hydrozoa
· Класс Коралловые полипы. Anthozoa
· Тип Членистоногие. Arthropoda
· Класс Трилобиты. Trilobita
· Тип Моллюски. Mollusca
· Класс Брюхоногие моллюски. Gastropoda
· Класс Двустворчатые моллюски. Bivalvia
· Класс Головоногие моллюски. Cephalopoda
· Подкласс Наутилоидеи. Nautiloidea
· Подкласс Ортоцератоидеи. Orthoceratoidea
· Подкласс Аммоноидеи. Ammonoidea
· Тип Мшанки. Bryozoa
· Тип Брахиоподы. Brachiopoda
· Класс Замковые. Articulata.
· Отряд Продуктиды. Productida
· Отряд Спирифериды. Spiriferida
· Отряд Ринхонеллиды. Rinchonellida
· Отряд Теребратулиды. Terebratulida
· Тип Иглокожие. Echinodermata
· Класс Морские лилии. Crinoidea
· Класс Морские ежи. Echinoidea
· Тип Хордовые. Chordata
Вот далеко неполное , краткое описание экспонатов с их фотографиями.
Цианобионты появились около 3,5 млрд, лет назад являются первыми фотосинтезирующими организмами, продуцирую- биогенный молекулярный кислород
Тубифитесы
Из описания В.П.Маслова (1956): «Tubiphytes — обволакивающий организм, образующий наросты из микрозернистого кальцита вокруг других организмов. Описываемая водоросль обычно имеет вид извивающихся червеобразных неправильных цилиндров, образовавшихся в результате обрастания каких-то исчезнувших стеблей, след от которых остается в виде трубки, заполненной вторичным кальцитом. Слои такого рода нароста бывают различной толщины, достигающей 1 и более миллиметров 
Стволы деревьев
Фораминиферы
Фораминиферы — простейшие организмы, имеющие разнообразные известковые раковины. Наиболее крупные раковины фораминифер, которых мы можем наблюдать на массиве невооруженным глазом, относятся к надотряду Fusulinoida (фузулиноида). Фузулиноиды имеют раковины дерические, веретеновидные, цилиндрические, спирально-свернутые
Палеоаплизины
относятся к организмам спорного систематического положения. Специалисты, изучавшие палеоаплизины Урала, сравнивали их с гидроидными — наиболее примитивными стрекающими. 
Кораллы—представители многоклеточных организмов, относящихся к типу книдарий. Для ранней перми характерны два подкласса: табуляты и ругозы. Оба подкласса вымерли в конце пермского периода. На Шахтау наибольшее распространение имеют ругозы.
Членистоногие
Моллюски
На Шахтау известны представители трех классов: двустворчатые моллюски, брюхоногие моллюски и головоногие моллюски.
Мшанкимикроскопические колониальные бентосные организмы . Их колонии состоят из многочисленных особей, которые называются зооидами. Зооиды отличаются строением и функциями, которые они выполняют.
Спирифериды
Хордовые.Хрящевые рыбы.
