Інформаційні системи класифікують за рядом характерних ознак.
За рівнем у системі державного управління: територіальні і галузеві; міжгалузеві; підприємств.
Державні інформаційні системи призначені для вирішення найважливіших народногосподарських проблем країни на основі використання обчислювальних комплексів та економіко-математичних методів у них складають перспективні та поточні плани розвитку країни, ведуть облік результатів та регулюють діяльність окремих ланцюгів народного господарства, розробляють державний бюджет та контролюють його виконання тощо.
Територіальні (регіональні) інформаційні системи призначені для управління адміністративно-територіальними регіонами. Сюди належать інформаційні системи області, міста, району. Ці системи виконують роботи з обробки інформації, яка необхідна для реалізації функцій управління регіоном, формування звітності й видачі оперативних даних місцевим і керівним державним та господарським органам.
Міжгалузеві інформаційні системи є спеціалізованими системами функціональних органів управління національною економікою (планових, фінансових, статистичних та інших).
Такі інформаційні системи забезпечують розробку економічних і господарських прогнозів, державного бюджету, здійснюють контроль за результатами та регулювання звітності всіх ланок народного господарства, а також контроль наявності і розподілу ресурсів.
Інформаційні системи управління підприємствами або виробничими об’єднаннями – це системи із застосуванням сучасних засобів автоматизованої обробки даних, економіко-математичних та інших методів для регулярного розв’язування завдань управління виробничо-господарською діяльністю підприємства.
Галузеві або відомчі інформаційні системи управління призначені для управління підвідомчими підприємствами та організаціями. Галузеві ІС діють у промисловості та в сільському господарстві, будівництві, на транспорті та ін. У них розв’язуються завдання інформаційного обслуговування апарату управління відповідних міністерств і відомств.
Створення інтегрованих інформаційних систем дає змогу забезпечити комплексну автоматизацію управління на всіх рівнях. Вона розглядається як ієрархічно організований комплекс організаційних методів, технічних, програмних, алгоритмічних та інформаційних засобів, які мають модульну структуру і забезпечують наскрізне узгоджене управління матеріальними та інформаційними потоками об’єкта управління. Серед інтегрованих інформаційних систем найчастіше виділяють багаторівневі ІС з інтеграцією за рівнями управління (підприємство-об’єднання, об’єднання-галузь тощо), за рівнями планування, за рівнями обліку (бухгалтерський-податковий-статистичний-управлінський) та ін.
За рівнем інтелектуалізації: інформаційно-довідкові; інформаційно-пошукові; підтримки прийняття управлінських рішень; з використанням баз знань; експертні системи.
Інформаційно-пошукові системи призначені для нагромадження та пошуку за певними критеріями документів та даних.
В інформаційно-довідкових системах за результатами пошуку обчислюють значення арифметичних функцій.
Документальні ІС використовуються для обробки документів, публікацій, звітів, розпоряджень тощо. Споживачем результатів пошуку виступає, як правило, кінцевий користувач.
Фактографічні системи оброблюють спеціальні фактичні відомості, що являють собою організовану сукупність формалізованих записів даних. Фактографічні системи оперують фактами (даними) різних типів, що пов’язані в системі в більш чи менш складні структури.
Інтелектуальні системи – це такі комп’ютерні системи, які поєднують моделювання і можливість умовиводів. До їх складу входять системи підтримки прийняття рішень, управлінські інформаційні системи, системи засновані на знаннях. Результатом використання цих систем є отримання, оцінка, аналіз, об'єднання і узгодженість різноманітних елементів інформації.
Інформаційно-управлінські системи (ІУС) являють собою організаційно-технічні системи, які забезпечують вироблення рішення на основі автоматизації інформаційних процесів у сфері управління. ІУС призначені для забезпечення керівників вищого та середнього рівня інформацією. Для cистем, заснованих на знаннях характерним є застосування штучного інтелекту для того щоб висувати гіпотези і робити розумні висновки. Штучний інтелект пропонує представлення знань (фактів, правил) у пам’яті комп’ютера поряд з деякою можливістю робити висновки і навчатися. Великий прогрес у використанні штучного інтелекту був досягнутий для вирішення структурних проблем, які вимагають від людей високого інтелекту, наприклад, гра в шахи, переклад з однієї мови на іншу.
За ступенем централізації оброблення інформації: централізовані і децентралізовані.
Централізовані ІС – накопичення і оброблення інформації здійснюється в єдиному центрі. Доступ інформаційних ресурсів ІС може здійснюватись віддалено.
Децентралізовані ІС побудовані за автономним принципом. Кожна ІС певного рівня обслуговує певне коло користувачів.
За принципом інтегрування: багаторівневі з інтеграцією за рівнями управління та функціями управління; однорівневі.
За видами процесів: для наукових досліджень; для автоматизованого проектування; організаційного управління; управління виробничими процесами; управління технологічними процесами; навчальні.
За сферою діяльності: культурологічні; владні; науково-технічні; соціальні; фінансово-економічні; міжнародних організацій.
За режимом оброблення інформації: в режимі реального часу; в автономному режимі.