Правление Федора Иоанновича и Бориса Годунова.

На таком неблагоприятном фоне появляется новый царь.
18 марта 1584 года во время игры в шахматы умирает Иван Грозный.
Его старший сын Иван убит им самим в 1581 году, до этого погиб ещё один младенец – сын, сын царевич Дмитрий от 7 жены Марии Нагой пока мал. Поэтому наследником Ивана 4 становится его сын от первой жены Анастасии Захарьиной – Романовой – Федор Иоаннович. 31 мая 1584 года состоялась коронация Федора. При нем большое значение играли князья Шуйские (в частности Иван Шуйский, отец Василия Шуйского), князь Мстиславский, боярин Никита Романович Юрьев – брат первой жены Ивана Грозного. Так же при Федоре большую роль играл Борис Годунов.
Федор Иоаннович был последним сыном Анастасии, родился в 1557 году, женился на Ирине, сестре Бориса Годунова. Он был весьма набожным, и его любимыми занятиями было отправлять богослужения. Его считали весьма справедливым. Набожности и справедливости было недостаточно для управления огромным государством. Он неохотно занимался государственными делами. Со временем он практически все государственные дела перепоручил своему шурину Борису Годунову. Он был активен, хорошо справлялся с проблемами внешней политики. Например, в ходе ливонской войны Россией были потеряны районы приневья и приладожья, которые отошли к Швеции. И теперь в ходе очередной войны со Швецией в конце 16 века удалось вернуть эти земли.

Кроме этого во время правления Федора в 1589 году произошло важное событие – был утвержден патриарший пост. То есть теперь в России во главе православной церкви стоял патриарх. Раньше, несмотря на то, что зависимость от Константинополя мы получили ещё полтора столетия назад, главой православной церкви оставался митрополит, а теперь стал патриарх. Введение патриаршего поста заметно повысило авторитет русской православной церкви прежде всего на международной арене. Но в России институт патриаршества прожил недолго. Петр 1 после смерти патриарха Адриана в 1700 году запретил выбирать нового патриарха, и русская православная церковь все 18 – 19 столетия. Очередной патриарх появится только в 1917 году.
После смерти Федора Иоанновича в январе 1598 года наследников по линии Рюриковичей не оказывается. Федор не имел детей. Его сводный брат – сын Ивана 4 от 7 жены Марии Нагойцаревич Дмитрий погиб ещё в 1591 году при не понятных обстоятельствах. Он был болен эпилепсией и возможно, играя в игру «тычки», сам себя ранил, от чего и погиб. Возможно, что кто-то его убил. Называлось имя Годунова. Спор идет до сегодняшнего дня. Например, Скрынников говорит, что Годунов не виноват в смерти Дмитрия.
Итак, ветвь Рюриковичей, идущая уже от Ивана Колиты пресеклась. Страна без царя. И эту проблему берется решить земский собор, который в феврале 1598 года выбирает на трон Бориса Годунова.
Но с этим выбором были согласны далеко не все. Те бояре, которые гордились близким родством с Иваном 4 – те же бояре Романовы, из рода которых была первая жена Ивана 4, которая была матерью Федора, последнего в этой династии царя. Они считали, что у них больше прав на трон.
Но назначение Годунова царем было сегодняшней точки зрения законным, так как он был выбран представительным органом - Земским собором. С точки зрения того времени это было непривычно, потому что привычным было наследование трона. Поэтому и сам Годунов чувствовал себя на троне неуверенно. Отсюда поощрение различных доносов, слухов и так далее.
Годунову было трудно, и характеризуют его историки очень по-разному. Дореволюционная историография дает уничижительные характеристики этой личности, советская – преувеличивает его достоинства, идеализирует его.
Но Годунов был человеком своего времени и нес на себе отпечаток опричных времен. Потому что ещё ребенком, когда он остался без родителей, его дядя служил у царя опричником и взял его во дворец. Годунов видел царя близко и многое из того, что было характерно для царского двора того времени, для опричнины, впитал. Но он понимал, что опричнина уже позади и надо идти вперед и надо ещё много сделать.