Количество реагентов при приготовлении ПААГ
Приготовление 30% акриламида
| Компоненты | На 100 мл | На 200 мл |
| Акриламид | 29 г | 58 г |
| Метиленбисакриламид | 1 г | 2 г |
Приготовление буфера ТВЕх10
| Компоненты | На 1 л | На 0,5 л |
| Трис | 108 г | 54 г |
| Борная кислота | 55 г | 27,5 г |
| 0,5 М ЭДТА рН=8 (или сухой) | 40 мл (9,3 г) | 20 мл (4,65 г) |
Приготовление буфера ТАЕх10
| Компоненты | На 1 л | На 0,5 л |
| Трис | 48,4 г | 24,2 г |
| ЛУК | 11,2 мл | 5,6 г |
| 0,5 М ЭДТА рН=8 | 20 мл | 10 мл |
| рН доводим до 7,8 ледяной уксусной кислотой |
Приготовление 0,09% растора AgNO3
| Реагент | Количество |
| AgNO3 | 1,8 г |
| Н2О | до 2000 мл |
Приготовление формалин-щелочного раствора
| Реагент | Количество |
| 40% раствор формалина | 15 мл |
| NaOH сухой | 15 г |
| Н2О | до 500 мл |
Приложение 4
Рестриктазы и сайты узнавания
| Фермент типа II | Сайт узнавания |
| Симметричный (N=6) | |
| Bal I | TGG|CCA |
| Bam HI | G|GATCC |
| Bcl I | T|GATCA |
| Bgl II | A|GATCT |
| Eco RI | G|AATTC |
| Hin dIII | A|AGCTT |
| Hpa I | GTT|AAC |
| Kpn I | GGTAC|C |
| Pst I | CTGCA|G |
| Pvu II | CAG|CTG |
| Sma I | CCC|GGG |
| Sac I | GAGCT|C |
| Sac II | CCGC|GG |
| Sal I | G|TCGAC |
| Xba I | T|CTAGA |
| Xho I | CTC|GAG |
| Вырожденный симметричный (N=6) | |
| Acc I | GT|(A/C)(G/T)AC |
| Ava I | C|PyCGPuG |
| Hae I | (A/T)GG|CC(T/A) |
| Hae II | PuGCGC|Py |
| Hgi AI | G(T/A)GC(T/A)|C |
| Hin dII | GTPy|PuAC |
| Симметричный (N=5) | |
| Asu I | G|GNCC |
| Ava II | G|G(A/T)CC |
| Eco RII | |CC(A/T)GG |
| Hin fI | G|ANTC |
| Симметричный (N=4) | |
| Alu I | AG|CT |
| Fnu DII | CG|CG |
| Hae III | GG|CC |
| Hha I | GCG|C |
| Hpa II | C|CGG |
| Mbo I | |GATC |
| Taq I | T|CGA |
| Симметричный метилированный (N=4) | |
| Dpn I | CmATC |
| Msp I | C(mC/C)GG |
Приложение 5
Приготовление реактивов, неоходимых при проведении SSCP-анализа
Приготовление денатурирующей смеси для SSCP-анализа
| Компонент | Количество |
| NaOH 5M | 10 мкл |
| ЭДТА 0,5М | 10 мкл |
| Н2О | 90 мкл |
Денатурирующую смесь готовят непосредственно перед раскапыванием в эппендорфы для смешивания с ПЦР-продуктом. Необходимо как можно быстрее раскапать смесь, так как через 30 минут после приготовления у денатурирующей смеси резко снижается активность.
Приготовление ПААГ для SSCP (на 50 мл)
| 10% гель | 8% гель | ||
| Компонент | Объем | Компонент | Объем |
| 30% акриламид 29:1 | 16,7 мл | 30% акриламид 29:1,3 | 13,3 мл |
| 10хТВЕ | 2,5 мл | 10хТВЕ | 2,5 мл |
| 50% глицерин | 5 мл | 50% глицерин | 5 мл |
| ТЕМЕД | 50 мкл | ТЕМЕД | 50 мкл |
| 10% ПСА | 443 мкл | 10% ПСА | 443 мкл |
| Н2О | до 50 мл | Н2О | до 50 мл |
Приложение 6
Триплетный генетический код
| U | C | A | G | ||
| U | Phe(F) Phe(F) Leu(L) Leu(L) | Ser(S) Ser(S) Ser(S) Ser(S) | Tyr(Y) Tyr(Y) Term Term | Cys(C) Cys(C) Term Trp(W) | U C A G |
| C | Leu(L) Leu(L) Leu(L) Leu(L) | Pro(P) Pro(P) Pro(P) Pro(P) | His(H) His(H) Gln(Q) Gln(Q) | Arg(R) Arg(R) Arg(R) Arg(R) | U C A G |
| A | Ile(I) Ile(I) Ile(I) Met(M) | Thr(T) Thr(T) Thr(T) Thr(T) | Asn(N) Asn(N) Lys(K) Lys(K) | Ser(S) Ser(S) Arg(R) Arg(R) | U C A G |
| G | Val(V) Val(V) Val(V) Val(V) | Ala(A) Ala(A) Ala(A) Ala(A) | Asp(D) Asp(D) Glu(E) Glu(E) | Gly(G) Gly(G) Gly(G) Gly(G) | U C A G |
Приложение 7
Биолоические базы данных
| База данных | Интернет-сайт | Исследования |
| GenBank | www.ncbi.nlm.nih.gov/genebank | нуклеотидные последовательности |
| GeneCards | http://www.genecards.org/ | гены человека |
| PubMed | www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed | Научные |
| Entrez Protein | www.ncbi.nlm.nih.gov/protein | последовательности белков |
| SWISS-PROT | web.expasy.org/groups/swissprot | последовательности белков |
| InterPro | www.ebi.ac.uk | белковые домены |
| OMIM | www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/ | наследственные заболевания |
| Pfam | www.pfam.sanger.ac.uk | семейства белков |
| PDB | www.rcsb.org/pdb | структуры белков |
| KEGG | www.kegg.jp | метаболические пути |
[Мухачева, 2012].
Интернет-сайты для поиска научной литературы:
www.pubmed.gov
www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
www.sciencedirect.com
www.scopus.com
www.elibrary.ru
http://scholar.google.ru/schhp?hl=ru
www.molbiol.ru