Охрана поверхностных и подземных вод
В хлебопекарной промышленности вода используется на разные нужды. Она входит в рецептуру продукции, используется для мойки сырья, в качестве охладителя или направляется для поддержания необходимых санитарно-гигиенических условий в производственных помещениях и на территории предприятия, для получения пара. Вода, входящая в состав готовой продукции, должна отвечать требованиям ГОСТ Р 51232-98 «Вода питьевая. Общие требования к организации и контролю качества». Вода, использованная на производственные нужды и уже отработавшая, называется сточной. Состав ее зависит от вида выпускаемой продукции и используемого сырья, от технологических особенностей производства и других факторов. Сточные воды делятся на две группы: нормативно-чистые и загрязненные. Нормативно-чистые сточные воды содержат незначительное количество загрязнений и не требуют очистки. Загрязненные сточные воды содержат загрязнения выше нормы и должны быть очищены на специальных сооружениях биологической очистки.
Водоохранные мероприятия по защите водоемов, водостоков и морских акваторий необходимо предусматривать в соответствии с требованиями водного законодательства и санитарных норм.
Нормирование сбросов, загрязняющих природную среду, производится путем установления предельно допустимых сбросов (ПДС) веществ со сточными водами в водные объекты. ПДС - это масса вещества в сточных водах, максимально допустимая к отведению с установленным режимом в данном пункте водного объекта в единицу времени с целью обеспечения норм качества воды в контрольном пункте. ПДС устанавливаются с учетом ПДК в местах водопользования, ассимилирующей способности водного объекта и оптимального распределения массы сбрасываемых веществ между водопользователями, сбрасывающими сточные воды (ГОСТ 17.1.1.01-77). В соответствии с "Инструкцией о порядке согласования и выдачи разрешений на специальное водопользование" НВН-33.5.1.02.83 ПДС для действующих предприятий устанавливается в разрешениях на специальное водопользование.
Почва в зоне расположения хлебозаводов может быть загрязнена отходами производства, металлическими банками, деревянными ящиками, бочками другой тарой из-под сырья. Эти загрязнения могут привести к нарушению санитарного режима предприятия. Необходимо проводить мероприятия, направленные на сокращение скоплений вредных отходов, загрязняющих почву.
Планировка предприятия. Источники выбросов предприятия и жилых зон расположены с учётом направления господствующих ветров и их повторяемости; производственные цеха расположены рационально по отношению к зданиям; создана санитарно-защитная зона между источниками 
выбросов и жилой застройкой. Санитарно-защитная зона благоустроена и озеленена, при этом для озеленения подобраны породы деревьев и кустарников, обладающие выраженной способностью к пылезадержанию и газопоглощению.