Фонд оплаты труда и численность работников центрального аппарата федеральных органов утверждает Правительство РФ
Структура, штаты и смета расходов на содержание центрального аппарата этих органов утверждают федеральные министры и руководители федеральных служб и федеральных агентств. Они утверждают численность и фонд оплаты труда работников своих территориальных органов, а также смету расходов на их содержание в пределах утвержденных ассигнований, предусмотренных в федеральном бюджете.
Структура и штатное расписание территориального органа утверждается в установленном порядке его руководителем в пределах установленной численности и фонда оплаты труда.
В структуре органов, действующих в экономике, социально-культурной сфере, важное место занимают информационно-аналитические, прогнозирующие, технико-технологические функциональные подразделения.
По общему правилу, положения о структурных подразделениях ФОИВ, определяющие их административно-правовой статус, утверждаются руководством этих органов. Федеральный министр своим приказом предоставляет в необходимых случаях директорам департаментов федерального министерства полномочия представлять федеральное министерство в отношениях с государственными органами, в том числе федеральными службами, федеральными агентствами, находящимися в ведении этого федерального министерства, государственными внебюджетными фондами, с другими организациями и гражданами, а также выдает доверенности на подписание от имени федерального министерства договоров и других гражданско-правовых документов. Полномочия, которые не могут быть предоставлены директорам департаментов, обозначены в Типовом регламенте.В субъектах РФ в регулировании этих вопросов нет единообразия. Компетенция структурных подразделений их органов (должностных лиц) устанавливается актами высших должностных лиц, высших органов исполнительной власти субъектов РФ.
Положения о структурных подразделениях отдельных федеральных органов исполнительной власти утверждаются Президентом РФ или Правительством РФ.
Внутренняя организация структурных подразделений регламентируется органами, в составе которых они формируются и действуют.
Иной порядок формирования и установления статуса действует в отношении территориальных органов ФОИВ.Согласно Типовому регламенту территориальные органы ФОИВ, как правило, создаются в качестве окружных, межрегиональных, региональных (в границах субъекта РФ), межрайонных, городских или районных органов. Порядок организации их деятельности предусматривается в регламенте соответствующего ФОИВ.
Территориальные органы:
а) в соответствии с компетенцией ФОИВ и установленными полномочиями выполняют функции по контролю и надзору, по управлению государственным имуществом, по предоставлению государственных услуг, другие функции, в том числе по выполнению задач, связанных с реализацией федеральных программ, планов, отдельных мероприятий, предусмотренных актами Президента РФ, Правительства РФ и соответствующего федерального органа исполнительной власти;
б) в пределах своих полномочий осуществляют контроль и надзор за выполнением органами исполнительной власти субъектов РФ переданных им в соответствии с федеральным законом полномочий федеральных органов исполнительной власти по предметам совместного ведения; за соблюдением требований к качеству и доступности государственных услуг организациями, через которые они оказываются.
Полномочия ФОИВ на отдельных территориях могут осуществляться его представителями, которые являются государственными служащими, занимающими должности в центральном аппарате этого органа.
Руководителям ФОИВ предоставлено право создавать, реорганизовывать и ликвидировать свои территориальные органы; утверждать положения о них. Руководители территориальных органов федеральных служб и агентств, находящихся в ведении федеральных министерств, назначаются и освобождаются от должности федеральными министрами по представлению руководителя соответствующей федеральной службы или федерального агентства, а подведомственных Правительству РФ — их руководителями. Создание указанных территориальных органов часто предопределяется законами, а также положениями о самих федеральных органах. Например, органов федеральной таможенной службы РФ — Таможенным кодексом РФ; органов МЧС России — Положением о нем и т. п. Утверждение положений о территориальных органах возложено на руководителей соответствующих федеральных органов исполнительной власти. Однако компетенция таких территориальных органов нередко предопределяется положениями о соответствующих федеральных органах исполнительной власти, а следовательно, органами, утвердившими такие положения. Например, в положениях о многих федеральных органах исполнительной власти устанавливается, что они осуществляют свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы. Соответствующие федеральные органы, утверждая положения о своих территориальных органах, не вправе игнорировать данное обстоятельство.