Изучение ниш СК, вследствие сложности объекта, находится в целом в зачаточном состоянии
Частично охарактеризованы ниши для СК зародышевого пути, эпителия кишечника, эпидермиса и определены некоторые из факторов, контролирующих само под держание СК. В частности, показана важная роль компонентов сигнальных путей таких регуляторов развития, как Notch, Wnt и Hedgehog. Наиболее детальные данные к настоящему времени получены о нише СКК. Установлено, что одним из основных, если не главным, компонентом этой ниши являются ранние остеобласты, выстилающие внутреннюю поверхность кости При этом увеличение числа остеобластов приводит к пропорциональному увеличению СКК. Важное значение для поддержания СКК имеет продуцируемый остеобластами Jagged 1, активирующий рецептор Notch. Вызывает значительный интерес тот факт, что белки N-кадгерин и [3-катенин сосредоточены в области контакта СКК с остеобластами, что весьма сходно с описанной выше организацией взаимодействия СК зародышевого пути дрозофилы с нишами. Данное наблюдение указывает на общность принципов взаимодействия с нишами разных типов СК в разных филогенетических группах.
1. Стволовые клетки взрослого организма:
В течение жизни во взрослом организме постоянно происходит гибель клеток различных тканей, как при естественном обновлении (апоптоз), так и при повреждениях (некроз). Восстановление утраченных клеток происходит за счет камбиальных элементов. В кишечнике, коже, мышцах, красном костном мозге, печени, головном мозге существуют 
пролиферирующие тканеспецифические популяции клеток.
В последние годы в тканях сформировавшегося организма были выявлены клеточные элементы, способные к дифференцировке не только в тканеспецифических направлениях, но и в клетки иного тканевого происхождения. При этом происходит потеря первичных тканевых маркеров и функций и приобретение маркеров и функций вновь образованного клеточного типа. Это явление получило название трансдифференцировки или пластичности. Подобные клеточные элементы классифицируют как мультипотентные стволовые клетки взрослого организма. Ещё одно их свойство – способность к миграции в другие ткани in vivo.
Открытие стволовых клеток взрослого организма позволяет по-новому подойти к проблеме обновления сформировавшихся тканей, изменить концепцию клеточной и генной терапии различных заболеваний. Изучение свойств стволовых клеток и их влияния на репаративные процессы в организме - одна из наиболее актуальных задач современной клеточной биологии. Особая значимость исследований в данной области связана с применением клеточных технологий для лечения человека.
К настоящему моменту выделены следующие типы стволовых клеток взрослого организма: гемопоэтические, мышечные, нервной ткани, кожи, эндотелия, кишечника, миокарда, гемопоэтические и мезенхимные стволовые клетки.