Глава 3 предусматривала ответственность за преступления против церкви, что ранее было объектом церковного законодательства
Особое внимание в Уложении уделено преступлениям против церкви (гл. 1), носителя идеологии крепостнического строя. На понятие преступления большое влияние оказывала церковь, которая в преступлении видела нарушение божеского закона. В Уложении впервые были подробно разработаны составы преступных деяний против религии. Статья 1 определила понятие богохульства, т. е. Оскорбление веры, которое влекло за собой квалифицированную смертную казнь через сожжение. Данная мера наказания была введена впервые. Помимо нее статьями 2 - 7 гл. 1 предусматривалось применение торговой казни, битье кнутом, тюремное заключение.
Усиливалась ответственность за государственные преступления. Так, ст. 1 гл. 2 «О государевой чести» установила высшую меру наказания (смертную казнь) даже за умысел, направленный против жизни и здоровья государя, если кто «начнет рать собирать».
Жестоко карались изменники, (ст. 3-7). К ним применялась квалифицированная смертная казнь (сожжение) с конфискацией имущества. Ответственности подлежали и члены семьи изменника, если они знали о его преступлении.
Дела о государственных преступлениях начинались не по инициативе стороны, а по доносу (извету). Конфискация имущества применялась как дополнительное наказание. В связи с тем, что измена часто имела место преимущественно со стороны крупных феодалов, ст.13 гл.2 предоставляла крестьянам и слугам право доносить на своих господ в случае совершения ими государственного преступления. Впервые за убийство изменника (ст.15 гл. 2) вводилось вознаграждение.
Преступления против порядка управления. Статьи 1-3 гл. 3 устанавливали штраф за оскорбление людей царского двора, за нарушение порядка. Поддерживая исключительную охрану частной собственности и, особенно, собственности государя, ст. Уложения предусматривала ответственность за ловлю рыбы государственных прудах: «Наказание учинять, что государь укажет». Глава 4 определяла смертную казнь за все подложные документы и подделку печатей.
Соборное Уложение 1649 г. выделило в особую главу преступления против финансовых прав, подделку монет и нарушение монопольных прав государства. С XVI в. чеканка монет была сосредоточена в руках государства и объявлялась государственной монополией, что и повлекло повышение ответственности. По отношению к фальшивомонетчикам устанавливалось наказание - залитие горла расплавленным металлом (ст. 1 гл. 5) Состав данного преступления в Уложении появился впервые.
Неуплата таможенных пошлин наказывалась штрафом, контрабанда - указами 1662 и 1681 гг. - смертной казнью. Впервые в русском законодательстве была выделена глава о борьбе с кормчеством как подрывом финансового положения государства. Статья 1 гл. 25 предусматривала штраф за незаконное изготовление вина и его продажу, незаконное содержали питьевых заведений (ст. 9). Статья 11 гл. 25 устанавливала ответственность за покупку и продажу табака. Следовательно, нормы права Соборного Уложения способствовали укреплению монополии государства.
Как и Судебники 1497 и 1550 гг. Соборное Уложение 1649 г. определяло ответственность за преступления против судебной власти, тем самым повышая авторитет судебных органов. Статья 106 гл. 10 предусматривала двойную ответственность за рушение порядка в суде: «Кто судью обесчестит непригожи словом или ранит, или убьет до смерти, то казнить смертной казнью».
Строго карались проступки против правил судопроизводства, за лжеприсягу, которая рассматривалась как двойное престуление: «Клянущемуся во лжи язык урезати». Наказанию подлежали ябедничество, крамольничество. Таким образом, государство стремилось взять в свои руки главнейшие части производства суда и превратить его из частной тяжьбы в государственный организованный суд.
Преступления против жизни. В Соборном Уложении убийств делились на умышленные и неумышленные. Умышленные убийства наказывались смертной казнью, неумышленные - кнутом или тюремным заключением.
Умышленным, или квалифицированным преступлением считалось убийство родителей детьми (ст. 1-2 гл. 22), тогда как убийство сына или дочери родителями, влекло лишь тюремное заключение на 1 год и церковное покаяние: «А будет отец или мать сына или дочь убьет до смерти и их за то посадити в тюрьму...» (ст.Згл.22).
Убийство мужа женой расценивалось как квалифицированное преступление: «А учинит жена мужу смертное убийство, или скормит его отравою, то ее живу скопати в землю и держать ее в земле пока не умрет» (ст. 14 гл. 22).