Збереження територій та об'єктів природно-заповідного фонду забезпечується шляхом
-встановлення заповідного режиму;
-організації систематичних спостережень за станом заповідних природних комплексів та об'єктів;
-проведення комплексних досліджень з метою розробки наукових основ їх збереження та ефективного використання;
-додержання вимог щодо охорони територій і об'єктів природно-заповідного фонду під час здійснення господарської, управлінської та іншої діяльності, розробки проектної і проектно-планувальної документації, землевпорядкування, лісовпорядкування, проведення екологічних експертиз;
-запровадження економічних важелів стимулювання їх охорони;
-здійснення державного та громадського контролів за додержанням режиму їх охорони й використання;
-встановлення підвищеної відповідальності за порушення режиму їх охорони та використання, а також за знищення і пошкодження заповідних природних комплексів і об'єктів;
-проведення широкого міжнародного співробітництва у цій сфері;
-проведення інших заходів з метою збереження територій і об'єктів природно-заповідного фонду.
Правовий режим територій та об'єктів природно-заповідного фонду -це сукупність науково-обгрунтованих екологічних вимог, норм і правил, що визначають правовий статус, призначення цих територій і об'єктів, характер допустимої діяльності в них, порядок охорони, використання і відтворення їх природних комплексів.
Розрізняють такі режими:
абсолютно заповідний (повне вилучення природного комплексу з господарського та рекреаційного використання) – заповідники, памятники природи;
відносно заповідний (часткове вилучення природного комплексу з господарського та рекреаційного використання) – заказники;
диференційований або змішаний (поєднання елементів абсолютного і відносного заповідних режимів; повне вилучення з використання одних ділянок природи з одночасним обмеженим рекреаційним використанням території) - національні парки, природні парки.
Згідно ст.64 ЗУ „” Порушення законодавства України про природно-заповідний фонд тягне за собою дисциплінарну, адміністративну, цивільну або кримінальну відповідальність.
Відповідальність за порушення законодавства про природно-заповідний фонд несуть особи, винні у:
а) нецільовому використанні територій та об’єктів природно-заповідного фонду, порушенні вимог проектів створення та організації територій природно-заповідного фонду;
б) здійсненні в межах територій та об’єктів природно-заповідного фонду, їх охоронних зон забороненої господарської діяльності;
в) організації на територіях та об’єктах природно-заповідного фонду, в їх охоронних зонах господарської діяльності без попереднього проведення екологічної експертизи або з порушенням її висновків;
г) невжитті заходів щодо попередження і ліквідації екологічних наслідків аварій та іншого шкідливого впливу на території та об’єкти природно-заповідного фонду;
д) порушенні строків і порядку розгляду клопотань про створення територій та об’єктів природно-заповідного фонду;
е) порушенні вимог щодо використання територій та об’єктів природно-заповідного фонду;
є) перевищенні допустимих хімічних, фізичних, біотичних та інших впливів і антропогенних навантажень, порушенні вимог наданих дозволів на використання територій та об’єктів природно-заповідного фонду;
ж) псуванні, пошкодженні чи знищенні природних комплексів територій та об’єктів природно-заповідного фонду та зарезервованих для включення до його складу;
з) самочинній зміні меж, відведенні територій та об’єктів природно-заповідного фонду для інших потреб.
Законодавством України може бути встановлена відповідальність і за інші порушення законодавства про природно-заповідний фонд.
Розміри шкоди, заподіяної внаслідок порушення законодавства про природно-заповідний фонд, визначаються на основі кадастрової еколого-економічної оцінки включених до його складу територій та об’єктів, що проводиться відповідно до цього Закону, та спеціальних такс, які затверджуються Кабінетом Міністрів України.(с.65)
Адміністративна відповідальність встановлюється за порушення правил охорони та використання територій та об'єктів природно-заповідного фонду (ст. 91 Кодексу України про адміністративні правопорушення)
Кримінальна відповідальність встановлюється за (відповідно до Кримінального кодексу України)
-незаконну порубку лісу у заповідниках або на територіях та об'єктах природно-заповідного фонду (ст. 246)
-порушення правил охорони надр, вчинені на територіях та об'єктах природно-заповідного фонду (ст. 240)
-незаконне полювання в заповідниках або на інших територіях та об'єктах природно-заповідного фонду (ст. 248)
-умисне знищення або пошкодження територій, взятих під охорону держави, та об'єктів природно-заповідного фонду (ст. 252)