Тема 3.2. ИДЕНТИФИКАЦИЯ БАКТЕРИЙ
Введение.Идентификация — определение (установление) видовой принадлежности микроба. В настоящее время общепринятый метод идентификации основан на изучении определенного набора наиболее важных фенотипических признаков исследуемого микроорганизма. Критерием для идентификации является наличие у микроба совокупности основных признаков, характерных для данного вида (таксонометрических признаков). Установление вида производится согласно международной таксономии бактерий (Bergey's Manual of Systematic Bacteriology).
К основным видовым признакам бактерий относятся:
• морфология микробной клетки;
• тинкториальные свойства — особенности окрашивания с помощью простых и сложных методов окраски;
• культуральные признаки — особенности роста микроба на питательных средах;
вбиохимические признаки — наличие у бактерий ферментов, необходимых для синтеза или расщепления (ферментации) различных химических соединений.
В бактериологической практике чаще всего изучают сахаро-литические и протеолитические ферменты.
К дополнительным признакам, используемым при идентификации, относятся:
• наличие видоспецифических антигенов (см. главу 10);
• чувствительность к видоспецифическим бактериофагам (см. главу 5);
• видовая резистентность к определенным антимикробным препаратам (см. главу 8);
• для патогенных бактерий — продукция определенных факторов вирулентности (см. главу 9).
Тонкая внутривидовая идентификация до биовара (серова-ра, фаговара, ферментовара и т.д.) — титрование — основана на выявлении соответствующего маркера: антигена (серотипи-рование, см. главу 10), чувствительности к типовому бактериофагу (фаготипирование, см. главу 5) и др.
В последние годы разработаны и начали применяться современные биохимические и молекулярно-биологические методы идентификации: хемоидентификация, анализ нуклеиновых кислот: рестрикционный анализ, гибридизация, полиме-разная цепная реакция (ПЦР), риботипирование и др.
▲ План занятия
▲ Программа
1. Идентификация бактерий.
2. Изучение биохимических свойств аэробных и анаэробных бактерий.
Демонстрация
1.Незасеянный "пестрый ряд".
2. Варианты изменения "пестрого ряда".
3. "Пестрый ряд" для анаэробных бактерий.
4. Микрометод изучения биохимических свойств бактерий.
5. Рост бактерий, вырабатывающих пигменты.
▲ Задание студентам
1. Зарисовать варианты изменения "пестрого ряда".
2. Оценить результаты отсева чистой культуры: отметить наличие или отсутствие роста посеянной культуры, а также присутствие посторонних бактерий.
3. Убедиться в чистоте выделенной культуры, для этого приготовить мазок и окрасить его по методу Грама.
4. Поставить каталазную пробу на стекле и оценить ее результат.
5. Учесть результаты определения биохимической активности выделенных чистых культур.
6. С помощью таблицы-определителя на основании изученных морфологических, тинкториальных, культу-ральных и ферментативных свойств идентифицировать выделенные микробы.
Методические указания
Биохимическая идентификация.Для оценки биохимической активности бактерий используют следующие реакции:
1) ферментацию — неполное расщепление субстрата до
промежуточных продуктов, например ферментацию углеводов с образованием органических кислот;
2) окисление — полное расщепление органического субстрата до С02 и Н2О;
3) ассимиляцию (утилизацию) — использование субстрата для роста в качестве источника углерода или азота;
4) диссимиляцию (деградацию) субстрата;
5) гидролиз субстрата.
Классический (традиционный) метод идентификации микробов по биохимическим признакам заключается в посеве чистой культуры на дифференциально-диагностические среды, содержащие определенные субстраты, с целью оценки способности микроорганизма ассимилировать данный субстрат или определения конечных продуктов его метаболизма. Исследование занимает не менее 1 сут. Примером является оценка саха-ролитической активности бактерий (способности ферментировать углеводы) с помощью посева на среды Гисса — короткий и длинный "пестрый ряд".
Идентификация бактерий по биохимическим признакам с помощью сред "пестрого ряда". Короткий "пестрый ряд" включает жидкие среды Гисса с моно- и дисахаридами: глюкозой, лактозой, сахарозой, мальтозой и с 6-атомным спиртом — маннитом. В длинный "пестрый ряд" наряду с перечисленными углеводами вводят среды с разнообразными моносахаридами (арабиноза, ксилоза, рамноза, галактоза и др.) и спиртами (глицерин, дульцит, инозит и др.). Для оценки способности бактерий ферментировать углевод в среды добавляют индикатор (реактив Андреде или др.), позволяющий выявить образование кислых продуктов расщепления (органических кислот), и "поплавок" для обнаружения выделения
Со2.
Чистую культуру исследуемого микроорганизма засевают петлей в среды "пестрого ряда". Посевы инкубируют при 37 "С в течение 18—24 ч или больше. В том случае, если бактерии ферментируют углевод до образования кислых продуктов, наблюдается изменение цвета среды; при разложении углевода до кислоты и газообразных продуктов наряду с изменением цвета появляется пузырек газа в поплавке. Если используют среды с полужидким агаром, то образование газа регистрируется по разрыву столбика. При отсутствии ферментации цвет среды не меняется. Поскольку бактерии ферментируют не все, а только определенные для каждого вида углеводы, входящие в состав сред Гисса, наблюдается довольно пестрая картина, поэтому набор сред с углеводами и цветным индикатором называют "пестрым рядом" (рис. 3.2.1; на вклейке).
Для определения протеолитических ферментов производят посев культуры бактерий уколом в столбик 10—20 % желатина,
пептонную воду. Посевы в желатине инкубируют при 20—22 °С в течение нескольких дней. При наличии протеолитических ферментов бактерии разжижают желатин, образуя фигуру, напоминающую воронку или елочку.
В посевах в пептонную воду*определяют продукты расщепления аминокислот после инкубирования в течение 2—3 сут при 37 °С путем постановки реакций на аммиак, индол, сероводород и др.
Реакция на аммиак. Узкую полоску лакмусовой бумаги укрепляют под пробкой так, чтобы она не соприкасалась с питательной средой. Посинение бумаги свидетельствует об образовании аммиака.
Реакция на индол. Способ Эрлиха: в пробирку с культурой бактерий прибавляют 2—3 мл эфира, содержимое энергично перемешивают и добавляют несколько капель реактива Эрлиха (спиртовой раствор парадиметиламидобензальдегида с хлористоводородной кислотой). В присутствии индола наблюдается розовое окрашивание, при осторожном наслаивании образуется розовое кольцо (см. рис. 3.2.1).
Реакция на сероводород. В пробирку с пептонной водой помещают узкую полоску фильтровальной бумаги, смоченную сульфатом железа, и закрепляют ее под пробкой так, чтобы она не соприкасалась с питательной средой. При выделении сероводорода образуется нерастворимый сульфид железа (FeS), окрашивающий бумагу в черный цвет (см. рис. 3.2.1). Продукцию H2S можно определять также путем посева культуры бактерий уколом в столбик с питательной средой, содержащей реактивы для выявления H2S (смесь солей: сульфат железа, тиосульфат натрия, сульфит натрия). Положительный результат — среда приобретает черный цвет за счет образования FeS.
Обнаружение каталазы. На предметное стекло наносят каплю 1—3 % раствора пероксида водорода и вносят в нее петлю с бактериальной культурой. Каталаза разлагает пероксид водорода на кислород и воду. Выделение пузырьков газа свидетельствует о наличии у данного вида бактерий каталазы.
В бактериологической практике иногда ограничиваются изучением сахаролитических и протеолитических признаков исследуемых бактерий, если этого достаточно для их идентификации. При необходимости Исследуют другие признаки, например способность к восстановлению нитратов, карбоксили-рованию аминокислот, образованию оксидазы, плазмокоагула-зы, фибринолизина и других ферментов.
Результаты работ по идентификации выделенной культуры протоколируют (табл. 3.2.1).
Биохимические тесты 2-го поколения, основанные на применении концентрированных субстратов и более чувствительных методов обнаружения конечных продуктов реакции, по-
![]() |
зволяют выявлять ферменты, уже существующие в микробной клетке, и, таким образом, не требуют дополнительного выращивания бактерий в процессе исследования. Это позволяет существенно сократить сроки исследования (до 4 ч). Биохимические тесты 3-го поколения основаны на применении субстратов, меченных хромогеном или флюорохромом. Такой комплекс не окрашен или не флюоресцирует. При разрушении меченого субстрата ферментом микроба освобождается метка, что проявляется окрашиванием или флюоресценцией. Такие тесты позволяют использовать единичную бактериальную колонию, полученную при первичном посеве исследуемого материала на плотную питательную среду, для полной биохимической идентификации, т.е. сокращает процесс выделения чистой культуры до двух этапов.
В лабораторной практике применяются готовые микротест-системы (МТС) для идентификации основных групп микроорганизмов — возбудителей заболеваний человека. В современных МТС учет результатов и их интерпретация осуществляются автоматически с помощью компьютерных систем анализа.
Биохимические и молекулярно-генетические методы идентификации.Хемоидентификация — идентификация по химическому составу микробной клетки. В состав любого организма входят 4 основных класса биомолекул: нуклеиновые кислоты, белки, углеводы и липиды. Хемоидентификация основана в первую очередь на анализе состава микробных липидов, поскольку среди биополимеров они характеризуются наибольшим разнообразием мономеров (у различных бактерий обнаружены более 300 разных типов жирных кислот и их произ-
водных). Это позволяет различать микробы, принадлежащие к разным видам, по количественному и качественному составу липидов (жирных кислот, эфиров, спиртов, хинонов и т.д.). Анализ химического состава микробных клеток осуществляется с помощью метода хроматографии. Наиболее широко используют метод газожидкостной хроматографии. Ведущей областью применения метода являются идентификация анаэробных бактерий по составу жирных кислот с короткой углеродной цепью (9—20 атомов углерода), относящихся к основным продуктам метаболизма этих микроорганизмов, а также идентификация медленно растущих бактерий (микобактерий) и бактерий с низкой ферментативной активностью.
Молекулярно-генетические методы идентификации. Они основаны на анализе бактериальных ДНК.
1. Рестрикционный анализ. ДНК обрабатывают ре-
стрикционными ферментами — специфическими эндонуклеа-
зами, которые разрезают молекулу ДНК по определенным по
следовательностям нуклеотидов. Далее проводят анализ полу
ченных фрагментов, уникальных для каждого вида микроорга
низма. Метод также позволяет осуществлять внутривидовое
типирование бактерий.
2. Гибридизация ДНК. Любой микроорганизм имеет в своем геноме определенные уникальные последовательности, которые могут быть использованы для его идентификации. Метод обнаружения таких участков ДНК основан на способности комплементарных последовательностей нуклеиновых кислот к гибридизации. Исследование проводят с помощью нуклеиновых зондов — однонитевых фрагментов ДНК, комплементарных уникальным участкам микробного генома и несущих метку (радионуклид, фермент или флюорохром). Включение метки обеспечивает высокую чувствительность метода. В зависимости от выбранного генетического фрагмента зонды могут быть родо-, видо- или типоспецифическими. Быстрота и высокая чувствительность метода гибридизации позволяют существенно сократить время исследования. Основной областью применения является идентификация трудно культивируемых или медленно растущих микробов (например, представителей родов Mycobacterium, Neisseria, Campylobacter). Особо следует выделить метод риботипирования — идентификации, основанной на анализе генов, кодирующих рибосомальные РНК.
3. Полимеразная цепная реакция (ПЦР). Метод ПЦР позволяет обнаруживать уникальные последовательности ДНК, присутствующие в образце в очень малых количествах. Теоретически достаточно одной копии искомой последовательности. Метод ПЦР основан на амплификации (увеличении числа копий) искомого участка генома микроорганизма. С этой
целью образец инкубируют в буферном растворе с двумя короткими ДНК-олигомерами (праймерами), комплементарными концам известного фрагмента генома, термостабильной ДНК-полимеразой и нуклеотидами. После гибридизации оли-гомеров с комплементарными участками ДНК они служат праймерами для полимеразы, которая копирует искомый фрагмент. Образец многократно нагревают для разделения цепей двойной спирали ДНК и остужают для повторной гибридизации праймеров с комплементарной матрицей. Каждая копия ДНК становится новой матрицей для синтеза новой копии. Процедуру повторяют 20—40 раз. При этом количество копий искомого фрагмента генома увеличивается по экспоненциальному закону. Амплификация в миллионы раз занимает всего несколько часов.
Глава 4 |
МОРФОЛОГИЯ И ФИЗИОЛОГИЯ ГРИБОВ
Введение. Грибы представляют собой многочисленную группу микроорганизмов, относящихся к доминиону Еикагуа, царству Mycota. Классификация внутри царства основана на морфологии, характере и способах размножения, физиологических особенностях и других признаках. Клетка гриба имеет ультраструктуру, типичную для эукариот. Все грибы способны к бесполому размножению, совершенные грибы могут также размножаться половым путем. Представители одного вида в половой (телеоморфной) и бесполой (анаморфной) фазах развития могут существенно различаться по морфологии, экологии и в случае патогенных видов способности вызывать заболевания. Грибы подразделяются на две основные морфологические группы: плесени (нитевидные грибы) и дрожжи.
Морфология плесневых грибов. Вегетативное тело плесневого гриба — гифа — имеет нитевидную форму. Толщина гиф обычно превышает 2 мкм, что позволяет отличить их от актиноми-цетов, толщина клеток которых не превышает 1 мкм. Длина гиф у свободно живущих видов может достигать нескольких метров. У высших грибов гифа разделена мембранными перегородками — септами, у низших септы отсутствуют. Гифы в процессе развития ветвятся и образуют анастомозы, за счет чего формируется переплетенная структура — мицелий. Различают субстратные гифы (мицелий), погруженные в питательный субстрат, и воздушные, растущие над его поверхностью.
Плесневые грибы размножаются преимущественно путем образования вегетативных (бесполых) спор, которые у предста-
вителей разных видов существенно различаются по морфологии, размерам и расположению. Многие виды формируют особые репродуктивные (спороносные) гифы, строение которых также является важным таксономическим признаком. Совершенные грибы в ходе полового размножения образуют особые половые споры, которые располагаются в специальных образованиях (асках, базидиях). Морфологические признаки плесневых грибов родов Penicillium, Aspergillus, Mucor представлены в табл. 4.1.
Морфология дрожжеподобных грибов. Дрожжи и дрожжепо-добные грибы в отличие от плесневых, представляют собой одноклеточные организмы. Клетки могут иметь овальную, шаровидную или удлиненную форму и достаточно крупные размеры (диаметр 5—20 мкм). Их размножение происходит бесполым способом за счет почкования — образования бласто-конидий. Почкующиеся клетки могут расходиться или оставаться соединенными друг с другом. Вновь образующиеся организмы могут при этом не принимать характерной овальной формы, располагаться цепочками и вытягиваться в длинные нити — псевдогифы, формируя псевдомицелий. Это явление получило название филаментации. Характер филамента-ции относится к числу важных таксономических признаков, которые используют при идентификации дрожжеподобных грибов (рис. 4.1).
Морфология диморфных грибов. Многие грибы, особенно патогенные, характеризуются диморфизмом — могут существовать как в форме плесени, образуя гифы и мицелий, так и в одно-
Рис.4.1. Типы роста (филаментации) дрожжеподобных грибов рода
Candida. а — mycotorula; б — mycotoruloides; в — Candida; г — mycocandida.
клеточной дрожжевой форме, что зависит от состава питательной среды, температуры и других условий обитания.
Методы культивирования грибов. Грибы являются гетеротрофными микроорганизмами и относятся к аэробам или факультативным анаэроба'м. Многие виды сравнительно неприхотливы — растут на питательных средах с органическим источником углерода, могут использовать нитраты и соли аммония в качестве источника азота; обладают разнообразным набором ферментов. Большинство грибов — умеренные псих-рофилы с оптимальной температурой роста 20—25 "С, патогенные виды способны расти при 37 "С. На плотных питательных средах они формируют типичные колонии, форма, размер, характер поверхности, наличие пигментации и другие признаки которых используют для видовой идентификации. Обычно грибы растут медленнее, чем бактерии: видимый рост появляется через 2—4 дня или позднее.
Тема 4.1. МОРФОЛОГИЯ И ФИЗИОЛОГИЯ ГРИБОВ
А План
▲ Программа
1. Биологические особенности грибов.
2. Принципы классификации грибов.
3. Способы культивирования грибов.
4. Выделение и идентификация грибов рода Candida. а Демонстрация
1. Мазки: чистая культура грибов рода Candida (окраска по методу Грама).
2. Морфологические признаки плесневых грибов. Пре-
параты "раздавленная" капля из чистых культур грибов родов Penicillium, Aspergillus, Mucor.
3. Питательные среды для культивирования грибов.
4. Рост и типы филаментации дрожжеподобных грибов рода Candida на картофельном агаре.
5. Изучение биохимических признаков чистой культуры грибов рода Candida ("пестрый ряд").
▲ Задание студентам
1. Микроскопировать и зарисовать мазки, предложенные для демонстрации.
2. Ознакомиться с таблицами.
3. Описать характер роста грибов рода Candida на глю-козокартофельном агаре. Указать тип филаментации (по данным таблицы "Бластоспоры и филаментация дрожжеподобных грибов").
4. Проанализировать "пестрый ряд" чистой культуры грибов рода Candida, сверяя полученные результаты с данными таблицы "Таксономические признаки дрожжеподобных грибов рода Candida", и сделать заключение о видовой принадлежности.
▲ Методические указания
Морфологию грибов изучают в нативных и фиксированных препаратах. Для приготовления нативного препарата "раздавленная капля" для изучения морфологии плесневых грибов отделяют препаровальными иглами небольшой участок мицелия с плодоносящими гифами и прилегающим к нему тонким слоем питательной среды. Материал помещают в каплю воды на предметном стекле, иглой расправляют мицелий, придавливают покровным стеклом и микроскопируют при опущенном конденсоре. Препарат просматривают с объективом 8х, а затем — 40х. Предварительно колонии или культуры грибов микроскопируют непосредственно на чашках или в пробирках под малым увеличением.
Методы культивирования грибов аналогичны бактериологическим. Грибы выращивают на специальных сложных питательных средах (среда Сабуро, сусло-агар, картофельные, морковные среды и др.), включающих углеводы в качестве источника энергии и углерода и различные факторы роста. Для приготовления таких сред обычно используют натуральные добавки: дрожжевой экстракт, пивное сусло, овощные экстракты и др. Для задержки роста бактерий добавляют антибиотики и/или молочную кислоту.
Среда Сабуро состоит из дрожжевой воды с добавлением 1 % пептона, 2 % агара и 4 % мальтозы (или глюкозы). Питательную среду разливают в пробирки и стерилизуют при 0,5 атм в течение 20 мин. В жидкие среды агар не добавляют.
Этапы выделения чистых культур грибов (из организма больного или объектов внешней среды) те же, что и при выделении бактерий. Исследуемый материал засевают на специальные жидкие обогатительные (для накопления в случае малой концентрации микроорганизмов) или плотные питательные среды для получения изолированных колоний и инкубируют в термостате при температуре 37° и 28—30 "С в течение нескольких дней. Рост грибов наблюдается на 3—5-е сутки. На плотных средах формируются разнообразные колонии: плоские, выпуклые, гладкие, морщинистые, мучнистые, слизистые, пушистые и др., часто пигментированные. Так, дрожжеподоб-ные грибы рода Candida на 2—3-й день после посева образуют мелкие выпуклые пигментированные колонии с гладкой блестящей поверхностью, которые нередко сливаются и врастают в питательную среду. Делают пересев колоний, выделяют чистую культуру и проводят идентификацию с определением родовой и видовой принадлежности на основании морфологических, культуральных, биохимических и других признаков. Методы идентификации грибов аналогичны методам идентификации бактерий. Особое значение для определения видовой принадлежности чистой культуры плесневых грибов имеет изучение их морфологии. Для определения культуральных признаков колонии грибов микроскопируют непосредственно на чашках или в пробирках под малым увеличением. Биохимические свойства можно определить с помощью "пестрого ряда" или другими методами (см. тему 3.2).
Глава 5 |
ОБЛИГАТНЫЕ ВНУТРИКЛЕТОЧНЫЕ ПАРАЗИТЫ
Введение. К облигатным внутриклеточным паразитам относятся все вирусы и некоторые бактерии (представители порядков Chlamydiales и Rickettsiales), а также ряд видов патогенных простейших (Toxoplasma, Plasmodium и др.). Вирусы выделены в самостоятельное царство Vira. Вирусы не имеют клеточного строения, собственного метаболизма, содержат один тип нуклеиновой кислоты — ДНК или РНК, не размножаются бинарным делением и могут кристаллизоваться как неорганические вещества. Они являются облигатными внутриклеточными паразитами с дизъюнктивным (разобщенным) типом размножения. Внеклеточная форма существования вируса называется вирионом. В отличие от организмов, имеющих клеточное строение, вирусы занимают промежуточное положение между живой и неживой материей. В основе классификации вирусов лежат определенные признаки:
1) тип вирусной нуклеиновой кислоты — ДНК-содержащие и РНК-содержащие;
2) тип симметрии капсида — изометрический (кубический), спиральный или смешанный;
3) наличие или отсутствие суперкапсида — просто или сложно устроенные;
4) тип хозяина — вирусы человека и животных, растений,
бактерий (бактериофаги).
Тема 5.1. МОРФОЛОГИЯ И СТРУКТУРА ВИРУСОВ. ВИРУСОСКОПИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
Введение. Вирион состоит из сердцевины (нуклеиновой кислоты в комплексе с сердцевинными белками) и оболочек. Размеры вирионов колеблются от 15—20 (0,015—0,002 мкм) до 300-500 нм (0,3-0,5 мкм).
Существуют простые и сложные вирионы. Первые снабжены только капсидом. Форма просто устроенных вирусов определяется типом симметрии его капсида: изометрическим или спиральным. У вирусов с изометрическим типом симметрии капсида отдельные морфологические субъединицы капсида (капсомеры) уложены на осях симметрии многогранника, например икосаэдра (двадцатигранника). При этом вирион приобретает сферическую форму. У вирусов со спиральным типом симметрии капсомеры уложены по спирали вокруг нуклеиновой кислоты. При этом вирион приобретает палочковидную
форму.
Сложные вирионы имеют дополнительную внешнюю оболочку — суперкапсид, покрывающий капсид снаружи. Супер-капсид представляет собой модифицированную мембрану клетки хозяина [цитоплазматическую (ЦПМ), ядерную или др.], содержащую вирусные белки и гликопротеины. Форма сложных вирусов обычно близка к сферической, для них характерен
плеоморфизм.
Вирусы бактерий (бактериофаги) имеют сперматозоидную или нитевидную форму. Бактериофаги сперматозоидной формы состоят из головки, в которой содержится нуклеиновая кислота, и отростка. Капсид головки фагов построен по изометрическому типу симметрии, а отростка — по спиральному. У некоторых фагов отросток очень короткий или может отсутствовать.
Морфологию вирусов изучают с помощью электронной микроскопии. Методы сканирующей электронной микроскопии позволяют исследовать форму и характер поверхности вирусной частицы. Для изучения ультраструктуры вирусов применяют методы просвечивающей электронной микроскопии.
Тема 5.2. КУЛЬТИВИРОВАНИЕ ВИРУСОВ И ДРУГИХ ОБЛИГАТНЫХ ВНУТРИКЛЕТОЧНЫХ ПАРАЗИТОВ (РИККЕТСИЙ, ХЛАМИДИЙ)
Введение. Вирусы не имеют собственного метаболизма. Для репродукции они используют метаболические системы клетки-хозяина.
Различают 3 типа взаимодействия вируса с клеткой.
1. Продуктивная инфекция. При этой форме инфекции в клетке происходит репродукция вируса и образуется вирусное потомство — 104—10б вирусных частиц, которые выходят из зараженной клетки во внешнюю среду.
2. Интегративная инфекция. Геном вируса встраивается (интегрирует) в геном клетки-хозяина. Интегрированные вирусные геномы — провирусы — передаются потомству зараженной клетки при делении. РНК-содержащие вирусы также могут вызвать интегративную инфекцию путем обратной транскрипции с помощью РНК-зависимой ДНК-полимеразы (обратной транскриптазы). При этом в клеточный геном встраивается образующаяся ДНК-копия вирусной РНК. При определенных условиях интегративная форма вирусной инфекции может переходить в продуктивную.
3. Абортивная инфекция. При проникновении в клетку дефектного вируса, не способного к самостоятельной репродукции, или при попадании полноценного вируса в непермис-сивную (не подходящую для его репродукции) клетку, или при неподходящих условиях внешней среды возникает абортивная форма инфекции. Взаимодействие с клеткой прерывается на одной из ранних стадий — вирус не репродуцируется и не передается потомству зараженной клетки.
ж План
ж Программа
1. Методы культивирования вирусов, риккетсий, хлами-
дий.
2. Методы индикации вирусов.
3. Бактериофаги: морфология и физиология, практическое применение.
▲ Демонстрация
1. Питательные среды, растворы и лабораторная посуда для культур клеток.
2. Культуры клеток: незараженные, зараженные вирусом простого герпеса и хламидиями. Отметить изменения в культурах клеток, зарисовать, сделать вывод.
▲ Задание студентам
1. Учесть результаты реакции гемагглютинации (РГА), поставленной для выявления гемагглютинирующего
вируса в материале из куриного эмбриона, и определить титр вируса.
2. Учесть результаты индикации вируса в культуре клеток по цветной пробе.
3. Учесть результат титрования бактериофага по методу Грациа.
4. Определить спектр литического действия бактериофага.
5. Ознакомиться с методом фаготипирования бактериальных культур. Определить фаговары культур стафилококков, выделенных от больных.
6. Ознакомиться с препаратами бактериофагов, классифицировать по назначению.
а Методические указания
Методы культивирования вирусов. Для культивирования вирусов используют культуры клеток, куриные эмбрионы и чувствительных лабораторных животных. Эти же методы применяют и для культивирования риккетсий и хламидий — обли-гатных внутриклеточных бактерий, которые не растут на искусственных питательных средах.
Культуры клеток. Представляют собой соматические или эмбриональные клетки животных или человека, культивируемые в лабораторных условиях. Клеточные культуры различаются по источнику получения, способности к размножению in vitro и кариотипу. Их подразделяют на первичные (непере-виваемые), полуперевиваемые и перевиваемые.
Первичные культуры клеток получают непосредственно из тканей многоклеточных организмов. Такие клетки обычно не способны к делению (неперевиваемые) и используются однократно.
К полуперевиваемым культурам относятся диплоидные клетки различных тканей и органов, способные к ограниченному размножению in vitro. Они представляют собой клеточную систему, сохраняющую в процессе 20—50 пассажей (пересевов) — до года — диплоидный набор хромосом, типичный для соматических клеток используемой ткани. Диплоидные клетки при культивировании не претерпевают злокачественного перерождения и этим выгодно отличаются от опухолевых.
Перевиваемые культуры клеток готовят из злокачественных линий клеток, обладающих способностью неограниченно размножаться in vitro в определенных условиях. К ним относятся, например, злокачественные клетки HeLa, первоначально выделенные из карциномы шейки матки, Нер-3 (из лимфоидной карциномы) и др.
Для выращивания клеточных культур используют питательные среды сложного состава, включающие источники энергии, минеральные вещества, аминокислоты, витамины и другие
факторы роста. Клетки чрезвычайно чувствительны к изменению рН среды. Для контроля рН в среды добавляют индикатор. Большинство клеточных культур растет в виде монослоя (пласта, состоящего из одного слоя клеток), прочно прикрепляясь к поверхности контейнера для культивирования — пробирки, пластикового планшета или матраса (флакон 4-гранной формы). Некоторые типы клеток способны расти также в суспензии.
Приготовление первичной культуры клеток включает несколько последовательных этапов: измельчение ткани, разъединение клеток путем трипсинизации, отмывание полученной однородной суспензии изолированных клеток от трипсина с последующим суспендированием клеток в питательной среде, обеспечивающей их рост (например, в среде 199 с добавлением телячьей сыворотки крови). При оседании клетки довольно прочно прикрепляются к стенке пробирки или флакона, по которой распространяются в виде монослоя. После получения монослоя жизнеспособной культуры клеток ее заражают материалом, содержащим риккетсии, хламидии или вирусы. Упомянутые микробы проникают внутрь клеток, где и размножаются. В культурах клеток удается культивировать большинство вирусов, вызывающих заболевания человека.
Внутриклеточные паразиты оказывают цитопатическое действие (ЦПД) на клетки, в которых происходит их репродукция. ЦПД может проявляться деструкцией (лизисом) зараженных клеток, изменением их морфологии (изменением размеров и формы самой клетки, клеточного ядра, появлением вакуолей или включений, представляющих собой внутриклеточные скопления вирусов, образованием синцития) и нарушением их функций.
Куриные эмбрионы. Куриные эмбрионы по сравнению с культурами клеток значительно реже бывают контаминиро-ваны вирусами и микоплазмами, а также обладают сравнительно высокой жизнеспособностью и устойчивостью к различным воздействиям. Они пригодны для культивирования хламидии, риккетсии и некоторых вирусов, патогенных для человека.
Для получения чистых культур риккетсии, хламидии и ряда вирусов в диагностических целях, а также для приготовления разнообразных препаратов (вакцины, диагностикумы) используют 8—12-дневные куриные эмбрионы. К недостаткам данного метода относятся невозможность обнаружения исследуемого микроорганизма без предварительного вскрытия эмбриона, а также наличие большого количества белков и других соединений, затрудняющих последующую очистку возбудителя при изготовлении различных препаратов.
Для заражения куриных эмбрионов исследуемый материал вводят в аллантоисную и амниотическую полости, на хорион-аллантоисную оболочку или в желточный мешок куриного
Рис.5.2.1. Способы заражения куриного эмбриона. 1 — в амниотическую полость; 2 — в аллантоисную полость; 3 — в желточный
мешок.
эмбриона (рис. 5.2.1). Для заражения в аллантоисную полость в скорлупе над воздушной камерой (границы ее заранее обводят карандашом при просвечивании яйца) проделывают небольшое отверстие с помощью ножниц, скальпеля или специального буравчика. Шприцем вводят 0,1—0,2 мл вируссодер-жащего материала на глубину 2—3 мм ниже границы воздушной камеры. Отверстие в скорлупе заливают расплавленным парафином. Вскрытие зараженных эмбрионов производят в сроки максимального накопления вируса (через 48—72 ч инкубации при 37 °С). После обработки спиртом и 2 % раствором йода скорлупу рассекают ножницами немного выше очерченной карандашом границы воздушной камеры, наклоняя яйцо так, чтобы избежать попадания скорлупы в полость. Скорлупу отбрасывают, осторожно снимают ее оболочку и рассматривают хорион-аллантоисную оболочку вокруг места заражения, отмечая наличие или отсутствие очагов поражения — геморрагии, бляшек и др. Затем пастеровской пипеткой прокалывают хорион-аллантоисную оболочку в участке, свободном от сосудов, и отсасывают аллантоисную жидкость. После этого извлекают хорион-аллантоисную оболочку, дважды промывают ее изотоническим раствором хлорида натрия, помещают в чашку Петри и отмечают на черном фоне наличие специфических поражений. Лабораторные животные. Видовая чувствительность животных, их возраст определяют репродуктивную способность вирусов. Во многих случаях только новорожденные животные чувствительны к тому или иному вирусу (например, мыши-сосунки к вирусам Коксаки). Преимущество метода
культивирования облигатных внутриклеточных паразитов в организме лабораторных животных перед другими состоит в возможности выделения тех вирусов, которые плохо репродуцируются в культуре клеток или эмбрионе. К его недостаткам относятся высокая вероятность контаминации организма подопытных животных посторонними вирусами и микоплазмами, а также необходимость последующего заражения культуры клеток для получения чистой культуры данного вируса, что увеличивает сроки исследования.
Методы индикации вирусов. Для демонстрации присутствия вируса в клеточной культуре используют несколько методов.
I. О размножении (репродукции) вирусов в культуре клеток судят по цитопатическому действию (ЦПД), которое может быть обнаружено микроскопически по морфологическим изменениям клеток. Часть таких клеток погибает и отслаивается от стенок пробирки. Вирусные частицы, освобождающиеся при разрушении одних клеток, инфицируют другие, которые через некоторое время также погибают. В результате вместо сплошного клеточного монослоя остаются лишь отдельные клеточные островки. Характер ЦПД, вызванного разными вирусами, неодинаков. При репродукции одних вирусов (парамиксовиру-сы, герпесвирусы) наблюдается слияние клеток с образованием синцития, других (энтеровирусы, реовирусы) — сморщивание и деструкция клеток, третьих (аденовирусы) — агрегация клеток (рис. 5.2.2) и т.д. ЦПД вирусов оценивают в динамике, просматривая культуру клеток под микроскопом в разные сроки после ее заражения вируссодержащим материалом. Некоторые вирусы (энтеровирусы, герпесвирусы) вызывают ЦПД в течение 1—2 сут, другие — в более поздние сроки (на 4—6-й день). Характер ЦПД используют как для обнаружения вирусов (индикации), так и ориентировочной идентификации, т.е. определения их видовой принадлежности.
Некоторые вирусы можно обнаружить и идентифицировать по включениям, которые они образуют в ядре или цитоплазме зараженных клеток. Форма включений различна, а размеры колеблются от 0,25 до 25 мкм. Они представляют собой места скопления вирусных частиц и могут быть выявлены в препаратах, приготовленных из зараженной ткани и окрашенных по методу Романовского—Гимзы или флюорохромами. В последнем случае используют люминесцентную микроскопию.
В клетках, пораженных риккетсиями, на 3—8-й день отмечается большое количество коккобациллярных форм, целиком заполняющих цитоплазму или ядро клеток, которые затем гибнут. Хламидии также рассматривают в окрашенных по методу Романовского—Гимзы препаратах клеток, в которых образуются цитоплазматические включения, представляющие собой внутриклеточные микроколонии этих бактерий.
Рис. 5.2.2. Культура клеток, а — неизмененные клетки; б — цитопатические изменения в клетках.
Для исследования морфологии контаминированных клеток используют специальный инвертированный микроскоп, у которого осветитель располагается сверху, а объективы — снизу от предметного столика. С помощью такого прибора можно оценивать морфологию клеток, растущих в виде монослоя на поверхности контейнера для культивирования. Морфологические изменения клеток выявляют при микроскопическом исследовании культуры с помощью объектива 8х или 40х. При сравнении клеточного монослоя, инфицированного вирусом, с незараженными клетками в контрольной пробе отмечают полное или островковое разрушение пласта клеток либо другие изменения, которые характеризуют ЦПД вируса. Для более детального изучения ЦПД в контейнер для культивирования помещают покровное стекло, на котором образуется монослой. В дальнейшем стекло извлекают, зараженные клетки фиксируют и готовят микроскопический препарат, который окрашивают (по методу Романовского—Гимзы, флюорохромами и т.д.) и изучают иммерсионным методом.
ЦПД вирусов можно также продемонстрировать с помощью "цветной пробы": метаболически активные клетки культуры в ходе жизнедеятельности выделяют кислые продукты, что вызывает изменение цвета индикатора, присутствующего в куль-туральной среде. При репродукции вируса клетки утрачивают
способность к метаболизму и погибают, поэтому окраска среды с течением времени не меняется.
И. Реакцию гемадсорбции применяют для индикации гемаг-глютинирующих вирусов. Реакция основана на способности поверхности клеток, в которых репродуцируются такие вирусы, адсорбировать эритроциты. Для постановки реакции гемадсорбции в культуру клеток, зараженных вирусами, добавляют взвесь эритроцитов и после некоторого времени контакта клетки промывают изотоническим раствором хлорида натрия. На поверхности пораженных вирусами клеток остаются прилипшие эритроциты.
III. Реакцию гемагглютинации (РГА) применяют для обнаружения гемагглютинирующих вирусов в культуральной жидкости зараженной культуры клеток либо хорионаллантоисной или амниотической жидкости куриного эмбриона. Гемагглюти-нацию — "склеивание" эритроцитов разных видов животных (кур, гусей, морских свинок) — вызывают вирусы, содержащие в оболочке гемагглютинин. Для постановки реакции гемагглютинации к исследуемому материалу добавляют взвесь эритроцитов. В присутствии вирусов происходит агглютинация эритроцитов. После вскрытия куриного эмбриона аллантоисную жидкость отсасывают и разливают по 0,5 мл в пробирки или лунки плексигласовой пластины (для контроля берут 0,5 мл такой же жидкости незараженного эмбриона). Затем добавляют по 0,2 мл 1 % суспензии отмытых куриных эритроцитов и выдерживают при комнатной температуре. Результаты реакции учитывают через 40 мин после оседания эритроцитов: (++++) — выраженная гемагглютинация — тонкая пленка склеившихся эритроцитов на дне пробирки, имеющая вид зонтика, (+++) — наличие просветов в пленке, (++) — наличие пленки с фестончатыми краями из склеившихся эритроцитов, (+) — хлопьевидный осадок эритроцитов, окруженный зоной комочков агглютинированных эритроцитов, (—) — резко очерченный осадок эритроцитов, неотличимый от контроля. Наличие гемагглютинации в опытных пробирках при ее отсутствии в контрольных указывает на содержание вируса в исследуемой жидкости. Для определения титра РГА ставят реакцию с разведениями вируссо-держащей жидкости Ю-1, 10~2, Ю-3 и т.д. За титр РГА принимают максимальное разведение, при котором наблюдается гемагглютинация (++). Титр РГА характеризует активность вируса и используется при постановке РТГА (см. тему 10.2).
Для количественного обнаружения вирусных частиц используют методы титрования. Титр вируса можно определить в реакции гемагглютинации с 10-кратными разведениями культуральной среды, или материала из куриного эмбриона, или по ЦПД в культуре клеток. В последнем случае клетки культуры заражают 10-кратными разведениями материала, содержащего вирус. После 6—7-дневной инкубации их просматривают на
![]() |
Рис.5.2.3. Колонии (бляшки) вирусов в культуре клеток, а — бляшки вируса ньюкаслской болезни; б — бляшки вируса Коксаки. |
наличие ЦПД. За титр вируса принимают наибольшее разведение, которое вызывает ЦПД в 50 % зараженных культур. Титр вируса выражают количеством цитопатических (инфекционных) доз (ИД5о). Более точным количественным методом учета отдельных вирусных частиц является метод бляшек (рис. 5.2.3). Культуру клеток заражают вирусом и покрывают тонким слоем агара. После инкубирования посевов в течение нескольких суток на поверхности агара появляются просветленные участки определенной формы (бляшки), представляющие собой участки погибших клеток в сплошном монослое культуры клеток. Каждая бляшка образуется при размножении одной вирусной частицы и хорошо заметна в виде круглого светлого участка на красном фоне клеток, прижизненно окрашенных нейтральным красным. Титр вируса, установленный этим методом, выражают числом бляшкообразующих единиц (БОЕ) в 1 мл. Размеры, морфология и сроки появления бляшек различаются не только у разных видов вирусов, но и у отдельных штаммов одного и того же вида. Перечисленные признаки используют для селекции штаммов и получения так называемых чистых линий вирусов.
Тема 5.3. МЕТОДЫ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ВИРУСОВ (ФАГОВ) И ИХ ИНДИКАЦИЯ
Введение. Вирусы бактерий, или бактериофаги (фаги), широко распространены в окружающей среде — водоемах, почве. Фаги кишечных бактерий (кишечной палочки, шигелл, сальмонелл) могут быть выделены из сточных вод и испражнений. Фаги стафилококков обнаруживают в слизи из носоглотки, на коже и в раневом отделяемом, фаги клостридий, вызывающих анаэробную раневую инфекцию, — в раневом отделяемом, почве. Наличие фага в среде указывает на присутствие чувствительных к нему бактерий.
Существуют вирулентные и умеренные фаги. Вирулентные фаги вызывают продуктивную инфекцию, заканчивающуюся
![]() | |||
![]() | |||
![]() |
![]() |
Рис.5.3.1. Негативные колонии (стерильные пятна) бактериофагов, а — пятна фага Т2; б — пятна фага Tj.
образованием новых фаговых частиц и лизисом бактериальных клеток. Умеренные фаги вызывают интегративную инфекцию, не приводящую к лизису зараженных ими клеток. ДНК этих фагов включается в хромосому бактерий и передается при их делении неограниченному числу потомков. Такой тип взаимодействия фага с клеткой называют лизогенией, а бактерии, несущие в своей хромосоме фаговую ДНК (профаг), являются лизогенными. Под действием различных факторов в клетках лизогенных бактерий может происходить индукция профага — выщепление его ДНК из хромосомы бактерии и развитие продуктивной инфекции. Лизогенные фаги широко распространены в природе.
Репродукция вирулентного фага в клетках бульонной бактериальной культуры сопровождается лизисом бактерий и просветлением среды. На газоне чувствительных бактерий, выращенных на плотной питательной среде в чашке Петри, фаги образуют зоны очагового или сплошного лизиса, что зависит от их концентрации. Зоны очагового лизиса получили название негативных колоний фага, или стерильных пятен — бляшек (рис. 5.3.1). Они имеют морфологию, характерную для определенных фагов, и образуются из одной фаговой частицы при ее внедрении и последующей репродукции в бактериальных клетках. Каждая инфицированная фагом бактерия лизируется и освобождает потомство фага, состоящее из сотен новых фаговых частиц. Они внедряются в интактные клетки, и весь цикл повторяется. В результате лизиса клеток на сплошном бактериальном газоне появляются негативные колонии фага.
Для получения "чистой" линии фага (свободной от примеси других фагов) проводят последовательные пассажи морфологически однотипных негативных колоний на газоне одного и того же бактериального штамма.
Большинство фагов характеризуется видоспецифичностью в
отношении бактерий. Однако существуют фаги, которые могут поражать только отдельные варианты одного и того же вида бактерий. Их используют для определения фаготипов (фагова-ров) внутри данного вида. Вместе с тем имеются фаги, лизи-рующие родственные виды бактерий. В практической работе фаги применяют для:
1) фаготипирования бактерий, т.е. определения фаготипа по лизису штаммов бактерий одного и того же вида типоспеци-фическими фагами, что важно для маркировки исследуемых бактерий при эпидемиологическом анализе заболеваний;
2) фагоидентификации бактериальных культур с целью установления их видовой принадлежности;
3) фагодиагностики, заключающейся в выделении фага из организма больного (например, из испражнений), что косвенно свидетельствует о наличии в материале соответствующих бактерий;
4) фагопрофилактики — предупреждения некоторых заболеваний (например, дизентерии) среди лиц, находящихся в эпидемическом очаге;
5) фаготерапии — лечения некоторых инфекционных заболеваний, вызванных, например, шигеллами, протеем, стафилококком.
▲ План
▲ Программа
1.Методы выделения фагов из объектов окружающей среды и их идентификация.
2. Метод титрования фага по Грациа.
3. Метод обнаружения лизогенных бактерий.
4. Метод фаготипирования бактерий.
Демонстрация
1.Методы выделения фага из объектов окружающей среды.
2. Методика обнаружения лизогенных бактерий.
Задание студентам
1.Учесть результат титрования бактериофага по методу Грациа.
2. Определить спектр литического действия бактериофага.
3. Ознакомиться с методом фаготипирования бактериальных культур. Определить фаговары культур стафилококков, выделенных от больных.
4. Ознакомиться с препаратами бактериофагов, классифицировать по назначению.
Методические указания
Выделение фага из объектов окружающей среды.Для получения вирулентного фага готовят фильтрат, пропуская исход-
![]() |
![]() |
Глава 6 |
ный материал (вода, суспензия фекалий и др.) через бактериальные фильтры. Фильтрат вместе с соответствующей бактериальной культурой засевают в бульон и инкубируют при 37 °С в течение 18—24 ч. После лизиса культуры оставшиеся бактериальные клетки удаляют центрифугированием или фильтрацией через бактериальный фильтр. Наличие фага в фильтрате определяют качественными и количественными методами.
Качественный метод определения фагов E.coli.Чашку Петри с питательным агаром засевают суточной бульонной культурой кишечной палочки газоном и подсушивают при 37 °С в течение 10—15 мин. Затем на поверхность газона наносят каплю фага и наклоняют так, чтобы капля стекла кпротивоположному краю. После суточной инкубации втермостате просматривают чашку, отмечая наличие зоны лизиса по месту отекания капли фага.
Количественный метод — определение титра фага по методу Грациа.Для постановки опыта предварительно: а) разливают питательный агар в чашки Петри, подсушивают в термостате; б) приготовленный полужидкий (0,7 %) питательный агар, разлитый по 3—4 мл в пробирки, растапливают в водяной бане. Делают 10-кратные разведения исследуемого фага (Ю-2—Ю-7 в зависимости от предполагаемого титра) в изотоническом растворе хлорида натрия. Затем 0,5 мл из последнего разведения фага (10~7) смешивают с таким же объемом суточной бульонной культуры чувствительных к фагу бактерий и выливают в пробирку с полужидким агаром, охлажденным до 45 °С. Смесь быстро выливают на поверхность агара в чашке Петри, где она застывает в виде тонкого слоя. Так же готовят смесь из следующего разведения фага (Ю-6) с бактериями иполужидким агаром и выливают на поверхность агара в другой чашке, затем — из разведения Ю-5. После застывания второго слоя агара чашки инкубируют при 37 "С, затем подсчитывают число негативных колоний фага. Число этих колоний соответствует количеству фаговых частиц в засеянной смеси. Исходя из него, можно вычислить количество пятнообразующих единиц в 1 мл исходной суспензии фага. Эта величина, характеризующая концентрацию фага, называется его титром (табл. 5.3.1).
Таблица 5.3.1. Результаты титрования фага но методу Грациа (форма протокола)
Номер исследуемой пробы | Число "стерильных" пятен фага, полученных при посевах проб в разведениях | Число фаговых частиц в 1 мл | ||
ю-5 | 10~б | ю-7 | ||
Рис.5.3.2. Постановка опыта фаготипировании культуры стафилококка. Объяснение см. в тексте. |
Определение спектра литичес-кого действия фага.Чашку с питательным агаром делят на квадраты по числу испытуемых бактериальных культур. На каждый квадрат петлей наносят каплю соответствующей бульонной культуры и распределяют ее по агару в пределах данного квадрата. Затем на каждый засеянный квадрат петлей или пастеровской пипеткой наносят по одной капле испытуемого фага. После суточной инкубации в термостате просматривают чашку, отмечая те квадраты, где имеется сплошной лизис бактерий или так называемые стерильные пятна на
бактериальном газоне. Количество различных бактериальных культур, которые лизируются испытуемым фагом, определяет широту спектра его литического действия.
Фаготипирование бактерий.Испытуемую суточную бульонную культуру бактерий засевают на поверхность питательного агара в чашке Петри, слегка подсушивают в термостате, затем делят на квадраты, на которые пастеровской пипеткой наносят по одной капле различных типоспецифических фагов. После суточной инкубации отмечают на чашке те квадраты, в которых имеется сплошной лизис бактерий. Фаготип бактериальной культуры определяется тем типом фага, который вызывает ее лизис (рис. 5.3.2).
Определение лизогении.Исследуемую суточную бульонную культуру центрифугируют для отделения фага от бактерий. В том случае, если бактерии спонтанно продуцируют фаг, последний будет содержаться в надосадочной жидкости. Для выявления фага надосадочную жидкость засевают на газон индикаторной (чувствительной) бактериальной культуры, на котором через 1 сут инкубации при 37 °С образуются очаги лизиса — "стерильные" пятна. При отрицательном результате опыта исследуемую бактериальную культуру предварительно подвергают УФ-облучению с целью индукции содержащегося в ней про-фага. Затем поступают так же, как и в предыдущем опыте.
ГЕНЕТИКА МИКРООРГАНИЗМОВ
1 370 42 3 7,3х107
2 463 50 6 1,0х108
3 37 4 0 7,7х106
Введение.Геном бактерий имеет модульное строение. Он включает в себя хромосому микробной клетки, умеренные бактериофаги, плазмиды, транспозоны и IS-элементы. Поддер-
жание постоянства состава генома, его воспроизведение при размножении и изменчивость, обеспечивающая приспособляемость, являются обязательными условиями сохранения вида. В основе поддержания постоянства генома лежит работа ферментов репликации и некоторых систем репарации ДНК. Изменения генетической информации являются результатом мутаций и рекомбинации. Мутации, различные по происхождению (спонтанные и индуцированные), приводят к изменениям ДНК, имеющейся в клетке. Рекомбинация позволяет также использовать и ДНКдругих клеток и вирусов, поступающую из окружающей среды.