Аравийская кампания 1811-1818 гг., вдохновлявшаяся призывами к восстановлению истинной славы мусульманства, попранной поборниками ваххабизма, послужила прелюдией к дальнейшим военным мероприятиям Мухаммеда Али, в частности его беспощадной борьбе с османским владычеством, которая также мотивировалась стремлением защитить ислам от посягательств и коррупции. Вместе с тем под покровом благой идеи реставрации «исламского правоверия» с заведомой очевидностью просматривались честолюбивые амбиции Мухаммеда Али, объектом вожделения которого был весь арабо-мусульманский мир. Исламская политика Мухаммеда Али, основывавшаяся на жестком практицизме и сугубо конъюнктурном подходе к решению насущных проблем, не могла обеспечить доверие и благонадежность населения завоеванных территорий.
Второй крупной кампанией, предпринятой египетским пашой, стала военная экспедиция в Восточный Судан (1820 – 1822 гг.). Истощенная аравийской войной, египетская казна требовала восполнения. Внимание Мухаммеда Али привлек Восточный Судан, который был связан с Египтом Нилом, оттуда в пашалык шли караваны с рабами, слоновой костью и драгоценностями. Египетский паша нуждался в денежных средствах, большая часть которых шла на организацию армии и флота.
Захват территорий Восточного Судана произошел стремительно. К началу 1822 г. весь Восточный Судан, кроме Дарфура и окраинных областей, был захвачен египтянами.
Осуществляя поход в Восточный Судан, Мухаммед Али преследовал разные цели. В Восточный Судан, так же как и в Аравию, были отправлены мятежные отряды турок и албанцев, которые не желали подчиняться воинской дисциплине. Таким способом египетский паша уничтожал возможную угрозу для своей власти. Экспедиция в Восточный Судан имела большое экономическое значение для Египта. Мухаммед Али мог держать под контролем торговые сухопутные и речные пути. Доходы от перевозки по ним рабов, товаров, тропического сырья стали важным источником пополнения египетской казны.
Проводимая в Судане политика египтян способствовала его политическому и социально-экономическому развитию. На завоеванных территориях проводилась экономические преобразования, которые уже получили распространение в Египте. В 1821 г. как военная база египтян был основан Хартум, ставший впоследствии одним из крупных торговых и политических городов, а в 1956 г. – столицей Судана. Государство получило новое административное устройство. В 1841 г. страна была разделена на 7 провинций (Фазоглу, Сеннар, Хартум, Така, Бербер, Донгола и Кордофан), во главе которых стояли турки, ставленники Мухаммеда Али.